La classification habituelle des myxomycètes, selon le concept d'espèce basé sur la morphologie du corps du fruit (Schnittler & Mitchell 2000; Clark 2004) telle qu’elle apparait encore dans la plupart des ouvrages et articles sur le sujet, comporte 5 ordres (Echinosteliales, Liceales, Physarales, Trichiales, Stemonitales) + le genre Ceratiomyxa (M. Schnittler 2012).

Cependant, les technologies et les connaissances évoluent, et la classification suit bien sûr le mouvement. La recherche d’un ancêtre commun a vu naître la notion de Cladistique au cours des années 60, devenue de nos jours une véritable méthode phylogénétique (qui est proche de qui ? au lieu de qui descend de qui ?) et amènera la création d’un rang supérieur, « le domaine » qui va se substituer au schéma classique des 5 règnes à un autre, organisé autour de 3 domaines : Deux de procaryotes (les Archaea et les Bacteria), et un d’eucaryote (les Eucarya).

Enfin, les travaux de Dmitry V. Leontev, Martin Schnittler, Steven L. Stephenson, Yuri K. Novzhilov & Oleg N. Shchepin (2019) divisèrent les myxomycètes en 2 sous-classes, les Lucisporomycetidae (myxomycètes à spores brillantes) et les Columellomycetidae(myxomycètes à spores sombres).

Voici deux tableaux (forcément incomplet du fait de la place) prenant en compte ces données qui certainement évolueront encore.